Hasta 1961 no le llega el éxito, con la creación de los 4 Fantásticos. En unos pocos años, crea junto con Jack Kirby y Steve Ditko a la gran mayoría de los personajes clásicos de la editorial. Este éxito hace que Marvel se convierta en la editorial más importante del momento, y marca el comienzo de la llamada Edad de Plata del cómic estadounidense. Stan Lee permanece durante gran parte de los sesenta como editor jefe de la apodada a partir de entonces "Casa de las Ideas", siendo sucedido por su ayudante,Roy Thomas.
Su carisma y capacidad creativa influyen en casi cualquier autor posterior a la Década Prodigiosa de los cómics. Algunos de los rasgos característicos de su obra son:

• La humanización de los personajes, más allá de su identidad superheroica. Para ello, insiste en que todos sus héroes deben tener un punto débil.
• Un lenguaje grandilocuente y recargado, que, en el caso de artículos y textos publicitarios, llega a estar entre la autoparodia y lo circense.
• Daba una gran libertad de movimientos a sus dibujantes, por medio del llamado "método Marvel": Lee hacía una sinopsis de la historia, que pasaba al dibujante, y luego escribía los diálogos basándose en el dibujo acabado. En ciertos casos, esto hacía difícil saber qué parte de la historia era de Lee, y qué parte del dibujante.

Entre sus creaciones destacan personajes que forman parte de la iconografía universal como Spiderman, los X-Men, el Hombre de hierro (Iron Man),Daredevil, los 4 Fantásticos, Hulk (La Masa) o los Vengadores.

Aparición en películas de Marvel

Con excepción de X-Men 2, Stan Lee aparece en cada una de las películas de Marvel basadas en personajes en cuya creación haya colaborado. No se ha mostrado en Elecktra, The Punisher ni Ghost Rider ya que no ha participado en su creación.

• En la película 'The Trial of the Incredible Hulk' (1989), la primera aparición de Lee en películas de Marvel o proyectos de televisión es como un capataz de jurado en el ensayo del Dr David Banner.
• En X-Men (2000), Lee aparece como un vendedor en un puesto de salchichas (o panchos) en la costa cuando el Senador Kelly se materializa en el mar después de escapar de Magneto.
• Él narró la película de Troma, 'Citizen Toxie: The Toxic Avenger Part IV' (2001) bajo el seudónimo de "Peter Parker".?
• En Spiderman (2002), apareció durante la primera batalla del Hombre Araña con el Duende Verde salvando a una niña de unas ruinas cayendo desde la altura.
• En Daredevil (2003), el chico ciego, Matt Murdock, detiene a Lee de cruzar la calle, salvándolo de ser atropellado por un auto.
• En Hulk (2003), se lo ve caminando en una escena cerca del principio, con Lou Ferrigno, ambos como guardias de seguridad del Laboratorio Bruce Banner.
• En Spiderman 2 (2004), Lee nuevamente salva a un inocente de un peligro, durante la primera batalla del Hombre Araña con el Doctor Octopus, cuando cae al suelo un trozo de pared.
• En Los 4 Fantásticos (2005), Lee aparece por primera vez como personaje de los cómics, en el rol de Willie Lumpkin, el cartero que saluda a Los 4 Fantásticos cuando entran al ascensor del Edificio Baxter.
• En X-Men: The Last Stand (2006), Lee y Chris Claremont aparecen como dos de los vecinos de Jean Grey en las primeras escenas establecidas (ambientadas) hace 20 años. Lee, "el jardinero" está regando el césped cuando Jean telequinéticamente eleva el agua de la manguera al aire.
• En Spiderman 3 (2007), Lee aparece hablando con Peter Parker, cuando se entera que las llaves de la ciudad le seran otorgadas al Hombre Araña.
• Tiene una breve aparición en un capítulo de la serie de televisión Héroes (2007) como conductor de un autobús al que va a subir Hiro Nakamura.
• En Los 4 Fantásticos y Silver Surfer (2007), Lee aparece queriendo entrar a la primera boda en la película.
• En Iron Man Tony Stark saluda Stan Lee a quien confunde con Hugh Hefner ya que este viste con la Clásica Bata y está rodeado por tres chicas rubias. 
• Saldra en Spiderman 4 pero no se sabe todavía que tipo de cameo va a ser.

Datos curiosos

• Los cómics Marvel todavía se distinguen por indicar siempre "Stan Lee presenta" en los rótulos de presentación.
• De cada serie de películas de un personaje de Marvel, en la primera siempre aparece Stan Lee (salvo en Spiderman que aparece en las tres, o en los Los 4 Fantásticos que aparece en las dos) interpretando algún pequeño papel. Las excepciones serían Punisher y la serie de Blade. Ambos personajes, a pesar de ser de Marvel Comics no fueron creados por Stan Lee, posible razón para la ausencia de un cameo
• En la poco conocida película (también adaptación de un comic de la Marvel), "El Hombre cosa, La naturaleza del miedo" (Man-Thing : The Nature of Fear), Stan Lee también realiza uno de sus "cameos", pero no en persona, sino a modo de fotografía en el el tablón de anuncios del Sheriff como uno de los desaparecidos en el misterioso pantano.

En EE.UU ya se esta haciendo el canal Marvel TV.